Mikitani dilahirkan dan dibesarkan di Kobe, Wilayah Hyōgo, Jepun.[3] Mikitani menghadiri Universiti Hitotsubashi, lulus pada tahun 1988 dengan ijazah perniagaan.[2] Beliau menerima pentadbiran perniagaan dari Harvard Business School di Cambridge, Massachusetts, pada tahun 1993.[4]

Bapanya, Ryoichi Mikitani, adalah seorang ahli ekonomi yang merupakan Scholar Fulbright pertama di Jepun ke AS[5] dan mengajar selama dua tahun di Universiti Yale; Pada masa itu, dari 1972 hingga 1974, keluarga itu tinggal di New Haven, Connecticut.[2] Ibunya, Setsuko, pergi ke sekolah rendah di New York City, sebelum kembali ke Kobe. Selepas tamat pengajiannya dari Universiti Kobe, dia bekerja untuk sebuah syarikat perdagangan. Kakaknya, Ikuko ialah seorang doktor (MD di Universiti Osaka). Abangnya Kenichi adalah seorang profesor biologi di Universiti Tokyo.[3] Datuknya ialah pengasas bersama Minolta.[5]